Hoefer SUB Series - Manuel (Page 27)

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d’agarose. Pour les fragments plus petits que 0,1 kb,
gels de polyacrylamide sont plus adaptés.
ARN Mobilité
Soit avant ou pendant l’électrophorèse, l’ARN doit
être dénaturé. Par exemple,
• Les fragments d’ARN qui ont dénaturé avec
sulfoxyde de diméthyle et le glyoxal peuvent être
séparés sur des gels d’agarose neutres, ou
• ARN peut être fractionné sur des gels d’agarose
contenant de l’hydroxyde de méthylmercure ou le
formaldéhyde.
Échantillons d’ARN nécessitent habituellement des
trajets plus longs ou des tampons qui sont facilement
épuisés, il est donc nécessaire de faire circuler le
tampon. Des analyses de Northern ne devrait normale-
ment pas être exécuté sur un réservoir de gel mini.
Performance de séparation
Gel de concentration, la course du tampon, la tension,
la température, la conformation et la présence de
bromure d’éthidium tous une incidence sur les
résultats de séparation.
Sélection concentration du gel
La plage de tailles des fragments à séparer détermine
le choix de la concentration d’agarose pour un gel.
Typique concentration en agarose de 0,5% à 3,0%.
Pour grands fragments d’ADN à faible pourcentage
des gels sont nécessaires, tandis que pour les petits
fragments d’ADN, haute de pourcentage gels sont
recommandés. Gels faibles (<0,5% d’agarose) devrait
être soumis à une électrophorèse à de basses tempé-
ratures (par exemple ~4 °C). Des gels d’agarose de
0,75% à 1,0%, pour l’électrophorèse de routine, sont
recommandés pour un large éventail de séparations
(0,15 à 15 ko). 2-4% des gels d’agarose sont généra-
lement choisis pour la résolution de fragment de PCR.
Si le gel doit être photographié par la suite, des gels
minces (2-3 mm) avec faible pourcentage d’agarose
sont mieux que les gels épais ou à pourcentage
élevé. Ces derniers produisent une opacité accrue et
autofluorescence.